アプリケーション
Index
- アプリケーション1 ～NGS解析用のDNA抽出～
- アプリケーション2 ～植物のDNA抽出～
- アプリケーション3 ～昆虫のDNA抽出～
- アプリケーション4 ～法医学(STR解析)～
- アプリケーション5 ～ジェノタイピング～
- アプリケーション6 ～RNA抽出～
アプリケーション 1 ～NGS解析用のDNA抽出～
prepGEM核酸抽出キットで抽出したDNAは、NGS分野ではアンプリコンシーケンスや16S rRNAメタゲノム解析で論文実績があります。PDQeX核酸抽出機器とPDQeX prepGEMキットを組合せれば全ゲノムNGSも可能で、微生物において論文実績があります。
prepGEM核酸抽出キットで抽出したDNAは、NGS分野ではアンプリコンシーケンスや16S rRNAメタゲノム解析で論文実績があります。PDQeX核酸抽出機器とPDQeX prepGEMキットを組合せれば全ゲノムNGSも可能で、微生物において論文実績があります。
| サンプル | 論文DOI |
|---|---|
| 微生物 | https://doi.org/10.2144/btn-2019-0006 |
| 植物 | https://doi.org/10.3390/genes10090632 |
| 昆虫 | https://doi.org/10.1186/s40851-018-0088-9 |
| 動物直腸スワブ | https://doi.org/10.1292/jvms.15-0621 |
| 微生物 | https://doi.org/10.1038/s41467-019-10542-0 |
| 微生物 | https://doi.org/10.7717/peerj.6902 |
| ヒト臍帯血CD34+細胞 | https://doi.org/10.1182/blood-2013-06-508432 |
| 患者由来腫瘍異種移植片(PDX) | https://doi.org/10.1038/ncomms6871 |
| 粒状有機物(POM) | https://doi.org/10.1016/j.dsr2.2019.104708 |
アプリケーション 2 ～植物のDNA抽出～
育種や品種鑑別のためのRAPD解析や、植物種同定のためのDNAバーコーディングにはPCR鋳型となるDNAが必要です。CTAB法やカラム式キットは数時間を要しますが、PDQeX核酸抽出機器とPDQeX phytoGEM キットの組合せなら、植物のDNA抽出が15分程度で完了します。
MicroGEM社によりDNA抽出が可能であることが確認された植物種
| Oryza sativa（イネ） | Prunus persica（もも） |
| Zea mays（トウモロコシ） | Pyrus sp.（梨） |
| Triticum aestivum（小麦） | Rheum rhabarbarum（ルバーブ） |
| Solanum tuberosum（馬鈴薯） | Rumex sp.（スイバ） |
| Solanum lycopersicum（トマト） | Pinus radiata spp.（松） |
| Arabidopsis thaliana（シロイヌナズナ） | Cryptomeria japonica（杉） |
| Brassica oleracea var. italica（ブロッコリー） | Cupressus sempervirens（イトスギ） |
| Spinacia oleracea（ホウレンソウ） | Sequoia sempervirens（セコイア） |
| Citrus limon（レモン） | Platanus occidentalis（アメリカスズカケノキ） |
| Citrus reticulata（オレンジ） | Rhopalostylis sapida（ニカウ） |
| Vitis spp.（ぶどう） | Chrysalidocarpus lutescens（アレカヤシ） |
| Actinidia spp.（キウイフルーツ） | Trachycarpus fortunei（ワジュロ） |
| Vaccinium sp.（ブルーベリー） | Archontophoenix alexandrae（ユスラヤシ） |
| Malus pumila（りんご） | Pritchardia gaudichaudii（ヤシ） |
| Prunus domestica（セイヨウスモモ） | Manihot esculenta（キャッサバ） |
| Prunus armeniaca（あんず） |
アプリケーション 3 ～昆虫のDNA抽出～
分子系統解析、ジェノタイピング、DNAバーコーディング、異物混入検査などで昆虫のDNA抽出をされていませんか？prepGEM核酸抽出キットは脚一つ、羽一つ、虫体1ヶから15分程度でDNA抽出が可能です。そのDNAを鋳型にしてPCRでCOI遺伝子やITS領域の増幅が可能です。
| 昆虫種 | 論文DOI |
|---|---|
| 線虫 | https://doi.org/10.1038/hdy.2013.100 |
| チャタテムシ | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0129810 |
| ハマダラカ | https://doi.org/10.1186/s12936-018-2189-5 |
| ツェツェバエ | https://doi.org/10.1186/s13071-016-1522-5 |
| ヒトジラミ | https://doi.org/10.1111/mve.12287 |
| ノミ | https://doi.org/10.7589/2016-09-202 |
| 甲虫 | https://doi.org/10.1007/s10482-020-01392-8 |
| カイガラムシ | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0205475 |
| オウトウショウジョウバエ | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098934 |
| ハムシ | https://doi.org/10.1186/s40490-016-0061-3 |
| ハマダラカ | https://doi.org/10.1186/s12936-017-2099-y |
| トゲアシショウジョウバエ | Bulletin of Insectology (2017) 70:57-62 |
| アブラムシ | https://doi.org/10.1603/en11103 |
| ヒメバチ | https://doi.org/10.1016/j.biocontrol.2016.06.009 |
| クモ | https://doi.org/10.1186/s40851-018-0088-9 |
| ミバエ | https://doi.org/10.1002/ps.3976 |
| コナジラミ | https://doi.org/10.3390/genes10090632 |
| ブユ | https://doi.org/10.2478/s11756-012-0057-2 |
アプリケーション 4 ～法医学 (STR解析)～
Forensic Science International: Genetics 6 (2012) 607-615の論文にはforensicGEM核酸抽出キットと著名なスピンカラム式DNA抽出キットの比較データがあります。
UV-C照射または56℃熱処理でDNA分解を促進した模擬検体（衣類の血痕）から核酸抽出してSTR解析を行ったところ、forensicGEMキットで抽出したDNAは他キットと同等か、より多くのアレルを検出したことが示されています。
(https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2012.01.011)
MicroGEM社作成 英文アプリケーションノート
- Extraction of DNA from cigarette butts using forensicGEM Universal （PDF）
タバコ吸殻からDNA抽出しPCRまたはSTR解析 - Extraction of DNA from Hair using forensicGEM （PDF）
ヒト毛根からDNA抽出しSTR解析 - forensicGEM Sperm Lysis: validation of a rapid sperm lysis protocol for Y screening using the PDQeX Nucleic Acid Extractor and real time PCR （PDF）
膣スワブからDNA抽出しYスクリーニング
| サンプル | 論文DOI |
|---|---|
| ヒトの口腔スワブ、全血、 模擬検体（衣服の血痕） | https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2012.01.011 |
| ヒトのミイラの唇スワブ | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0041244 |
| ヒトの口腔上皮細胞 | https://doi.org/10.1016/j.scijus.2020.10.005 |
| ヒトの血液 | https://doi.org/10.3378/027.083.0502 |
アプリケーション 5 ～ジェノタイピング～
マウス尾からのジェノタイピング用DNAの抽出プロトコルを図で比較しました。
prepGEM核酸抽出キットはスピンカラム式DNA抽出キットと比べてピペッティング数が大幅に減り、遠心操作が無く、抽出時間も17分に短縮されます。自作バッファー系やアルカリ法と比べても、prepGEMは早く簡単にPCR鋳型DNAの抽出が可能です。
| サンプル | 論文DOI |
|---|---|
| マウスの尾 | https://doi.org/10.1016/j.bbi.2011.09.012 |
| マウスの尾 | https://doi.org/10.1177/0963689717742662 |
| マウスの尾 | https://doi.org/10.1053/j.gastro.2012.02.046 |
| マウスの尾 | https://doi.org/10.1155/2017/8158514 |
| ラットの尾 | https://doi.org/10.1111/mec.12455 |
アプリケーション 6 ～RNA抽出～
- 微量、少数の細胞からロスが少なくRNA抽出可能です
- 多数のサンプルからのRNA抽出が便利になります
- 注意を要するRNA抽出作業をシンプル作業にできます
prepGEM製品ラインナップのうち、RNAGEM Kitを用いれば哺乳類培養細胞などから RNAを下図のようなシンプル操作で抽出することが可能です。RNAGEMで抽出された RNAはRT-PCRやRT-qPCRに用いることが可能です。
※定量はQubit等の蛍光色素法になります。 （OD260測定での定量は適しておりません）
MicroGEM社作成 英文アプリケーションノート
- A rapid solution for achieving excellent linearity and high RNA yield from cell culture （PDF）
- Total RNA extraction from cells, tissues, insects, bacteria, and viruses （PDF）
| サンプル | 論文DOI |
|---|---|
| 哺乳類培養細胞 SH-SY5Y | https://doi.org/10.1002/jbt.22233 |
| 哺乳類培養細胞 J558L | https://doi.org/10.1038/s41598-018-35968-2 |
| 哺乳類培養細胞 MCF7 (lncRNA) | https://doi.org/10.1016/j.jsbmb.2014.02.002 |
| マウス脳 凍結切片 | https://doi.org/10.1038/npp.2017.112 |
| 腫瘍ゼノグラフトマウス | https://doi.org/10.1038/bjc.2012.263 |
| Vero細胞 培養上清 | https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2014.01.019 |
| ヒトCD8+ T細胞 (miRNA) | https://doi.org/10.1186/s12967-014-0292-0 |
| 鼻腔スワブ UTM (Covid-19 RNA) | https://doi.org/10.3390/s21072490 |