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ChIP Assay, Chromatin DNAの断片化 Epigenetics

切断部位の偏りが少なく、再現性のあるクロマチンDNAの断片化を実現します。
また、処理中の温度上昇を抑制することでエピトープの分解も防ぎます。

再現性良く、切れ残りの少ないクロマチン断片化を実現

クロマチン免疫沈降(ChIPアッセイ)において、クロマチンの断片化工程は実験結果を大きく左右する重要な工程です。過剰な断片化によりエピトープが損傷し免疫沈降 (IP) 効率の低下してしまったり、不十分な断片化により長いクロマチン断片が生じることで非特異的な結合領域が検出されてしまったりすることがあります。

Covaris独自のAFAテクノロジーは、一極集中で超音波を照射する技術です。
超音波照射位置と照射条件を厳密に制御することで再現性良く、切れ残りの少ないクロマチン断片化を実現します。右図では、Covaris AFA で処理した場合に数百bp付近により多くのDNA断片が存在していることが示されています。

2 x 10^7 個のRaw264.7 細胞由来のクロマチン断片化結果.
サンプル1 ~ 6はCovaris AFA で5, 10, 15, 20, 25, 30分間、
サンプル7 ~ 10はバス型ソニケーターで15, 20, 25, 30分間断片化処理を実施。

温度上昇を抑制しサンプルへのダメージを最小限に

断片化処理時の水温

クロマチン断片化を行う際には、温度上昇を抑え低温下で処理することが大切です。温度上昇は、ヒストンや転写制御因子などのエピトープの変性や損傷を引き起こしてしまう可能性などがあるためです。Covaris社のAFAシリーズは処理部の水温を制御・リアルタイムでモニタリングする機能を標準搭載しています。そのため、低温状態を保ちながら断片化処理を実施することで、温度上昇によるサンプルへの影響を最小限に抑えることが可能です。

様々なエピジェネティクス研究で活躍

qPCR結果.
Positive1 ~ 3は特異的な結合領域に対するプライマーを用い、
Negative1, 2は非結合領域に対するプライマーを用いて増幅。

AFAを用いることで、低温下で確実なクロマチン断片化を実施できます。適切な断片化処理はIP効率の向上や非特異的領域の検出などを防ぐことに寄与し、より良い結果に繋がります。

確実かつ効率的な断片化処理が可能なAFAは、Hi-C seqやMethyl-seqといった様々なエピジェネティクス研究においても多くの実績があります。
詳細については弊社までお問い合わせください。

固定から断片化工程までをサポートする試薬キット

固定から断片化工程までをサポートする試薬キットを販売しています。サンプルの種類や量に合わせた最適なキットをお選びください。固定を伴わないNativeChIPやFFPEサンプルのChIP向け試薬キットも取り扱っています。製品の詳細は「アクセサリー/消耗品」をご覧ください。